Với trách nhiệm của mình, Xí nghiệp đã chủ động xây dựng tổ chức bộ máy theo nhiệm vụ được giao. Ngoài các bộ phận gián tiếp, Xí nghiệp tổ chức thành ba đội: đội rác thải Công nghiệp, đội quản lý Dịch vụ vệ sinh Môi trường biển, đội rác y tế có chức năng, nhiệm vụ cụ thể trên cơ sở đó các đội lại chia nhỏ thành từng tổ và phụ trách từng địa bàn khác nhau, tránh chồng chéo và phát huy được năng lực công tác, sự sáng tạo trong thực hiện nhiệm vụ của mỗi cán bộ công nhân viên, quản lý chặt chẽ được chất thải ở các khu vực, nhất là chất thải y tế nguy hại.

Đội rác công nghiệp quản lý trực tiếp việc ký kết các hợp đồng dịch vụ thu gom, vận chuyển xử lý rác công nghiệp phát sinh tại các đơn vị , trong các khu công nghiệp, ngoài khu công nghiệp; kiểm tra, phân loại , khảo sát chính xác rải thải tại các đơn vị, cá nhân…. Đội quản lý dịch vụ vệ sinh Môi trường biển có chức năng thu gom, vận chuyển xử lý rác thải trên phương tiện thủy neo đậu tại các cảng biển, bến bãi, đường sông, đường thủy nội địa, trên các tàu biển; Thu nạp dầu thải, nước thải tại các phương tiện thủy neo đậu, tại vùng nước cảng biển Hải phòng….Đội rác y tế quản lý dịch vụ thu gom, vận chuyển và xử lý rác thải y tế tại các bệnh viện, trung tâm y tế, phòng khám y tế……Trên địa bàn thành phố về tiêu hủy tại ló đốt rác y tế.

Nhận thức sâu sắc về trách nhiệm của mình, ngay từ ngày đầu thành lập cho đến nay, Xí nghiệp đã không ngừng phấn đấu đưa ra nhiều giải pháp hữu hiệu để đạt hiệu quả cao, trách được những nguy hiểm cho cộng đồng góp phần bảo vệ môi trường sống.

Làm việc trong điều kiện khó khăn và không kém phần nguy hiểm, nhưng CBCNV Xí nghiệp luôn tận tụy với công việc, đầu tư trí tuệ, xây dựng Xí nghiệp ngày càng vững mạnh về mọi mặt, đáp ứng được những đòi hỏi cấp thiết của nhân dân thành phố về giữ gìn vệ sinh môi trường đô thị, không chỉ phong quang, sạch đẹp mà môi trường sống ngày một cải thiện tốt hơn.